In vielen Kulturkreisen wie auch in der Antike wurden sowohl die physische Ähnlichkeit zwischen Menschen und Tieren, gleichzeitig aber auch die Unterschiede (Sprech- und Denkfähigkeit, Werkzeuggebrauch) erkannt. Schöpfungsmythen beantworten diesen Unterschied durch eine dem Menschen innewohnende Seele, die Tieren nicht gegeben ist. Der Ursprung dieser Seele liegt in dieser Sichtweise generell in dem Bereich des übernatürlichen (Religion). - Sie wird häufig mit der Fähigkeit des Menschen, moralisch zu urteilen und zu handeln, verknüpft. - Tieren wird dagegen selten die Fähigkeit zugesprochen, zwischen "Gut" und "Böse" zu unterscheiden.

Die geistige Seele gibt dem Menschen die Fähigkeit, über seine Handlungen zu reflektieren, und damit auch die Verantwortung für sein Handeln. Insbesondere das Reflexionsvermögen und das Verantwortungsvermögen hängen eng mit der Einmaligkeit des Individuums und seiner Persönlichkeit zusammen (siehe Selbstbewusstsein).

Die genaue Beschaffenheit der Seele, ihre Funktion und Bedeutung sowie ihr Ursprung wird in den Religionen und in den Wissenschaften unterschiedlich verstanden.

Gemeinsam ist vielen Religionen, dass die Seele innerhalb ihrer Theologie mehr ist als 'nur' der Körper, sondern etwas Besonderes, häufig Unsterbliches. Sie wird als der innerste Kern, das geistige, Leben spendende Prinzip in dem Menschen angesehen und gilt als gottgeschaffen. Sie bestimmt demnach eine gottgegebene, unverwechselbare Individualität jedes Lebewesens.

Viele Religionen, wie z. B. der Hinduismus, das Judentum, das Christentum (vgl. hier Seelsorge) oder der Islam kennen den Begriff der Seele und haben unterschiedliche Vorstellungen davon entwickelt. Dabei unterscheiden sich die Betrachtungen vor allem in der Art und Weise der Seelen Merkmale, nicht jedoch bezüglich der Existenz einer Seele an sich.

Insbesondere Hindus glauben an eine Reinkarnation, also an eine Wiedergeburt der Seele, möglicherweise auch in dem Körper eines Tieres. Der Buddhismus hingegen lehrt zwar auch die Wiedergeburt (als Weitergabe von Karma an eine nächste Existenz), die Existenz einer Seele aber wird - in dem Gegensatz zu vielen anderen Religionen - strikt verneint.

Das Christentum glaubt an ein körpervereinigtes Weiterleben der Seele in dem Jenseits. Einzelne Bibelstellen scheinen dem zu widersprechen (siehe Levitikus 7,18 und Hesekiel 18,4). Hier wird vom Tod der Seelen gesprochen, was in dem Christentum als die ewige Verdammnis (Hölle) ausgelegt wird. Weitere Bibelstellen jedoch sprechen auch von der Errettung der Seele (Hebräer 10,39; 1. Petrus 3,20; Jakobus 5,20; Apostelgeschichte 2,27). In dem Christentum wie auch in dem Judentum existiert keine Reinkarnation der Seele.

Das Christentum glaubt an die Auferstehung von den Toten. Dazu der vom Papst herausgegeben Katechismus der Katholischen Kirche:

Zitat Artikel 997: Was heißt „auferstehen"? In dem Tod, bei der Trennung der Seele vom Leib, fällt der Leib des Menschen der Verwesung anheim, während seine Seele GOTT entgegengeht und darauf wartet, daß sie einst mit ihrem verherrlichten Leib wiedervereint wird. In SEINER Allmacht wird GOTT unserem Leib dann endgültig das unvergängliche Leben geben, indem ER ihn kraft der Auferstehung JESU wieder mit unserer Seele vereint. Zitat Ende.

Zitat Artikel 998: Wer wird auferstehen? Alle Menschen, die gestorben sind: „die das Gute getan haben, werden zu dem Leben auferstehen, die das Böse getan haben, zu dem Gericht" (Joh 5, 29) [Vgl. Dan 12,2]. Zitat Ende.

Demgegenüber belegt die Forschung des Prof. Stevenson (University of Virginia) mit ungefähr tausend Fällen aus allen Kulturkreisen der Erde Reinkarnationserinnerungen von Kindern an frühere Leben.

Seine Forschung ist umstritten und wird ca. von einigen Fachleuten anerkannt. Die Forschung zur Seelenreise steht in direktem Zusammenhang mit der Reinkarnationstheorie, wird jedoch theologisch in der westlichen Welt nicht begleitet.

Die klassische Philosophie (insbesondere Platon, Aristoteles und Thomas von Aquin) lehren die Unsterblichkeit der Seele. Diese folgt aus der Tatsache, dass die Seele eine immaterielle, einfache, d.h. nicht zusammengesetze Substanz ist. Weil sie nicht aus Teilen besteht, kann sie auch nicht zerstört werden bzw. vergehen.

Naturwissenschaftlich gesehen ist die Seele identisch mit der Psyche. Die Seele ist an ein funktionierendes Nervensystem gebunden. Sie stirbt zusammen mit dem Körper oder beim Hirntod auch schon vor dem Körper.

Mit der Seele beschäftigen sich folgende Wissenschaften: Die Psychologie, die Verhaltensforschung, die Kognitionsforschung , die Neurowissenschaften, die Anthropologie und die Endokrinologie.

Die Forschungen zu dem Nahtodeserlebnis (engl. near-death experience, NDE) oder die Reinkarnationsforschung werden häufig als Pseudowissenschaften angesehen.

Wissenschaftler bewerten Erkenntnisse zur Seele häufig unter der Sichtweise ihrer Weltanschauung. - Rein materialistische oder reduktionalistische Wissenschaftler spekulieren, dass die psychologisch betrachteten Vorgänge sich letztendlich auf das komplexe Zusammenspiel biochemischer, elektrischer Prozesse und die Merkmale komplexer Systeme des Menschen zurückführen lassen könnten. - Die Seele existiert nach dieser Sichtweise als Bestandteil des Lebendigen und ist genetischen Faktoren sowie der Lebensumgebung des Individuums ausgesetzt.

• Der Körper ist ein Mietwagen, den man irgendwann abgeben muss. Nichts spricht dagegen, dass der Fahrer bleibt. Aber es spricht auch nichts dafür. (Peter Ustinov)
  

• Und in dem Wissen, dass die Seele den Körper überlebt, brennt er nicht ungeduldig darauf, den Sieg der Wahrheit in dem gegenwärtigen Körper zu erleben. (Mahatma Gandhi [sanskrit: Große Seele])
  

• Seele lebt, weil Gott sie liebt (Harold Klemp , derzeitiger spiritueller Führer von Eckankar, einer kleinen religiösen Gemenschaft, welche die Seelenreise als zentralen Glaubenssatz vermittelt)
  

• Das Denken ist das Selbstgespräch der Seele. (Plato, griechischer Philosoph, Begründer der abendländischen Philosophie)
  

• Lernen besteht in einem Erinnern von Informationen, die bereits seit Generationen in der Seele des Menschen wohnen. (Sokrates, griechischer Philosoph in dem Dialog mit Plato)
  

• Verzichten wir auf die Illusion, in der Seele eine immaterielle 'Substanz' zu sehen, dann leugnen wir nicht deren Existenz, sondern wir beginnen in dem Gegenteil, die Komplexität (...) zu erkennen, die zusammen das Wesen ausmachen, das sich in uns einmalig und unwiderleglich selber bezeugt. (Jacques Monod , Zufall und Notwendigkeit, Philosophische Fragen der modernen Biologie)
  

• Die große Frage, die ich trotz meines dreißigjährigen Studiums der weiblichen Seele nicht zu beantworten vermag, lautet: Was will eine Frau? (Sigmund Freud, Begründer der modernen Psychoanalyse)